Helena Pereira é professora catedrática no Instituto Superior de Agronomia, Universidade de Lisboa. Foi vice-presidente da Fundação para a Ciência e a Tecnologia de 2017 a 2019, tendo sido nomeada como Presidente do Conselho Diretivo da FCT.
Desempenhou diversos cargos de gestão e coordenação académica e científica em órgãos de Universidades, Institutos Politécnicos e Institutos de Investigação. De 2007 a 2011, foi vice-reitora da Universidade Técnica de Lisboa, e de 2011 a 2012 foi reitora da mesma Universidade. De 1989 a 1992,
foi pró-reitora da Universidade do Algarve e presidente da Comissão Instaladora da Unidade de Ciências e Tecnologia dos Recursos Aquáticos da UAlg. Foi também presidente da Comissão Instaladora da Escola Superior de Tecnologia do Instituto Politécnico de Faro e do Conselho Científico do Instituto Superior de Agronomia. De 2008 a 2010, presidiu ainda a Associação AMONET – Associação Portuguesa de Mulheres Cientistas.
A sua área de investigação tem sido as florestas e os produtos florestais, incluindo a bioenergia e as biorrefinarias, numa perspetiva integrada e multidisciplinar. A sua atividade de orientação académica traduziu-se em 30 teses de doutoramento, vários programas de pós-doutoramento e um número elevado de teses de mestrado.
Possui mais de 300 publicações científicas internacionais e duas patentes internacionais, uma das quais finalista do European Patent Inventor Award 2013. Possui experiência de coordenação de projetos de investigação e desenvolvimento em colaboração, multidisciplinares e multiinstitucionais, nomeadamente em 8 projetos europeus e 20 projetos nacionais. Recebeu diversas distinções científicas e académicas, nomeadamente Prémio Científico ULisboa/Santander (2016), Prémio de Mérito e Distinção ISA 100 anos (2011), Prémio Científico UTL/Santander (2008), Prémio Académie Amorim (2008), Prémio Transferência EID (2008) e Prémio Criatividade Empreeendedora (2008) da UTL, Prémio Excelência FCT (2006).
Antes de assumir funções na FCT foi responsável pela coordenação da Agenda Temática de Investigação e Inovação com o tema Agroalimentar, Florestas e Biodiversidade, desenvolvida pela Fundação. Colaborou também como avaliadora em diversos concursos. Foi por diversas vezes avaliadorade projetos para a Comissão Europeia, a Agência Nacional de Inovação e o Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária.
É licenciada em Engenharia Química-Industrial pelo Instituto Superior Técnico, doutorada (Dr. rer. nat.) pela Faculdade de Biologia da Universidade de Hamburgo, Alemanha e agregada pelo Instituto Superior de Agronomia.
Nasceu em 1949, em Coimbra.