Maria Manuel Mota nasceu em Vila Nova de Gaia a 27 de Abril de 1971. Licenciou-se em Biologia e obteve o grau de Mestre em Imunologia pela Universidade do Porto em 1992 e 1994, respetivamente. Em 1998 obteve o grau de doutor (PhD) em Parasitologia Molecular pela University College London (Reino Unido) com trabalho realizado no National Institute for Medical Research sob supervisão do Dr. Anthony A. Holder. Entre 1999 e 2001 desenvolveu investigação enquanto pós- doutoranda no Laboratório do Prof. Vitor Nussenzweig da New York University Medical School e lecionou na mesma escola médica.
De volta a Portugal em 2002, liderou o grupo de investigação do Laboratório de Biologia Celular da Malária no Instituto Gulbenkian de Ciência em Oeiras, tendo-se tornado em 2005 líder da Unidade de Malária do Instituto de Medicina Molecular (iMM), além de lecionar na Faculdade de Medicina da Universidade de Lisboa. É atualmente a Diretora Executiva do iMM, bem como Professora Convidada na Escola de Saúde Pública da Universidade de Harvard.
O seu interesse como investigadora independente dirigiu-se naturalmente para o estudo de ambas as fases da infeção (hepática, sanguínea) por Plasmodium, o parasita causador da malária, no hospedeiro humano.
O seu grupo foi pioneiro na identificação de moléculas do hospedeiro que ditam resistência, tolerância ou suscetibilidade a formas severas da doença, bem como os mecanismos que determinam interações mútuas entre as duas fases da infeção. Recentemente, o grupo que dirige no IMM identificou pela primeira vez as vias moleculares de imunidade inata que permitem ao hospedeiro detetar as células do fígado infetadas com Plasmodium, mecanismos que eram até agora completamente desconhecidos.
Maria Mota ganhou o EMBO Young Investigator Award em 2003, o European Young Investigator Award da European Science Foundation em 2004, e foi investigadora internacional do Howard Hughes Medical Institute (EUA) entre 2005 e 2010. Em Maio de 2016 foi eleita para integrar a Organização Europeia de Biologia Molecular (European Molecular Biology Organization – EMBO), pelo mérito e a excelência do trabalho que tem desenvolvido nos últimos anos. Em 2017 foi laureada com o prémio Pfizer e em 2018 com o prémio Sanofi – Institut Pasteur.
A nível nacional, recebeu o Prémio Pessoa em 2013, e foi condecorada pelo Presidente da República com a Ordem do Infante D. Henrique no Dia Internacional da Mulher de 2005.
Maria Mota é ainda fundadora da Associação Viver a Ciência, uma organização sem fins lucrativos que pretende promover a Ciência de qualidade feita em Portugal.