José Vítor Malheiros é consultor de Comunicação de Ciência. Desenvolve predominantemente a sua actividade em Universidades, Institutos de Investigação e na Administração Pública e é consultor permanente da Ciência Viva – Agência Nacional para a Cultura Científica e Tecnológica. 
Foi jornalista durante a maior parte da sua vida profissional, tendo-se dedicado às áreas da Ciência, Tecnologia, Educação, Saúde e Ambiente. Criou e coordenou a primeira secção semanal de Ciência no semanário Expresso (1983-1989), a primeira secção diária de Ciência no diário Público (1989) e fundou o site web do jornal Público (1995).
Manteve durante dezasseis anos uma coluna semanal de comentário político no Público, jornal do qual foi um dos fundadores e onde ocupou os cargos de editor de Ciência, editor de Opinião, director do site Publico.pt e director executivo. Paralelamente à sua actividade como jornalista e como consultor dedicou-se à área da formação de jornalistas, formação em Comunicação de Ciência e ensino do jornalismo a nível graduado e pós-graduado.
É docente convidado do mestrado em Cultura Científica e Divulgação das Ciências da Universidade de Lisboa. Foi anteriormente professor convidado do mestrado de Comunicação de Ciência da Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, da Universidade Lusófona, da Universidade Independente, da Universidade Autónoma, da Escola Superior de Comunicação Social e da Universidade Pompeu Fabra de Barcelona.
Integrou, em 2001, a primeira Comissão Internacional de Avaliação de La Cité des Sciences et de l’Industrie de La Villette (Paris). Foi durante oito anos membro da direcção da EUSJA – European Union of Science Journalists’ Associations. Foi co-relator do relatório “Contributos para a Década das Nações Unidas da Educação para o Desenvolvimento Sustentável em Portugal” (2006). Foi director executivo da parceria Harvard Medical School-Portugal (2009-2010) e responsável da unidade ComLab da UMIC-Agência para a Sociedade do Conhecimento (2010).
É co-autor, com António Granado, do livro “Como falar com jornalistas sem ficar à beira de um ataque de nervos” (Gradiva, 2000; do livro “Portugal 2020” (Fenda, 1998), com Adelino Gomes e Teresa de Sousa; e do estudo “Cultura Científica em Portugal” (Fundação Francisco Manuel dos Santos, 2015) com António Granado.
É membro activo de várias associações cívicas.